Durch die Verordnung eines retardierten Theophyllinpräparates zur Nacht, gelingt es in ca. 30% der Fälle, Häufigkeit und Dauer der nächtlichen Atempausen zu reduzieren. Da die Wirksamkeit im Einzelfall nicht vorhergesehen werden kann, muß der Behandlungserfolg unter anderem an der Besserung der klinischen Symptome (Nachlassen der Tagesmüdigkeit) abgeschätzt werden. Schwere Formen der Schlafapnoe sind mit einer medikamentösen Therapie allein nicht ausreichend zu behandeln. Theophyllin ist stoffverwandt mit Koffein und kann daher bei empfindlichen Personen den Schlaf beeinträchtigen, ggf. auch Herzrasen, Herzrhythmusstörungen und Bluthochdruck begünstigen. Traditionell wird Theophyllin als Medikament gegen Bronchialasthma eingesetzt. Im Einzelfall können sich auch einige trizyklische Antidepressiva (Psychopharmaka gegen Depressionen), z.B. Protriptylin und die blutdrucksenkende Substanz Clonidin bessernd auf eine schlafbezogene Atmungsstörung auswirken. Auf Schlaftabletten und Alkohol sollte grundsätzlich verzichtet werden, weil es zu einer Verschlechterung des Krankheitsbildes kommt.

Beim zentralen Schlafapnoe-Syndrom (ohne Obstruktion) können zur Stimulation des Atemantriebs Azetazolamid, Theophyllin, Clomipramin und Medroxyprogesteronacetat eingesetzt werden; die Langzeiteffektivität ist jedoch fraglich.

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